万古霉素是最后防线的抗生素，已有十几株金黄色葡萄球菌对其产生耐受，研究人员测定了这些耐受菌的基因组序列，结果显示：每株菌独立地出现耐药性，有一些共同特征，从而有助于它们获得万古霉素抗性和逃避人类系统免疫防御。
在美国，耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA)是医院内获得性感染的一种主要病因，最新数据显示，它在2005年引起1.8万人死亡。严重的多重耐药性MRSA感染需要用万古霉素治疗。从2002年以来，在美国已记录有12例耐万古霉素金黄色葡萄球菌（VRSA）的病例，这使人们更加担心，如果万古霉素耐受变得普遍，葡萄球菌感染可能无法治疗。大多数VRSA情况发生在肢体感染的糖尿病患者，以存在多种类型细菌为特点，包括万古霉素耐受的肠球菌。
该研究比较了这12株VRSA的遗传差别，最后发现，它们的共同祖先出现在50多年以前，正好在万古霉素耐受出现之前；万古霉素耐受不是在人与人之间传播，而是重复出现在每例VRSA病例里；每一株VRSA菌株获得一点称为转座子Tn1546的遗传物质。
所有VRSA菌株都属于葡萄球菌的CC5家族或CC5进化枝，而CC5进化枝通常见于抗生素耐受的医院内获得性感染，缺乏制造天然抗生素定居因子的能力，这就是它们为什么能与肠球菌共存的原因。CC5菌株能制造一些蛋白质，这些蛋白质可瓦解人大量的免疫应答而使细菌兴旺发达，从而增强混合感染中耐受因子从肠球菌转移至葡萄球菌的优势。
为什么VRSA的人与人传播没有变得普遍？基因组也提供了相关线索，CC5菌株没有制造或抵制抗生素殖民化因子的能力，在遇到任何天然出现的葡萄球菌时处于劣势，因为天然出现的葡萄球菌通常生活在皮肤上，能产生抗生素定居因子
